La Junta Directiva de la APADEPI tiene a su cargo la dirección de los asuntos de la Asociación y la administración de la misma.  Todas las funciones no conferidas a otros organismos serán competencia de la Junta Directiva.

Entre sus responsabilidades, están las de aprobar el ingreso de nuevos miembros, convocar las reuniones de la Asamblea General y mantener a los miembros debidamente informados de las actividades de la Asociación y de los asuntos que se sometan a consideración de la misma.

La Directiva está integrada por 9 directores principales y 2 directores suplentes.